内蒙古自治区的边界城市包括：
呼伦贝尔市：
位于内蒙古自治区东北部，与蒙古国接壤，政府驻地为海拉尔区。
巴彦淖尔市：
位于内蒙古西部，东接包头，西连阿拉善盟、乌海市，南隔黄河与鄂尔多斯市相望，北与蒙古国接壤。
额尔古纳市：
位于内蒙古自治区呼伦贝尔市大兴安岭西北麓，呼伦贝尔草原北端，额尔古纳河右岸，是中国最北的边境城市。
满洲里市：
位于内蒙古自治区呼伦贝尔市西北部，是中蒙最大的陆运口岸城市之一。
二连浩特市：
位于内蒙古的锡林郭勒盟，是中蒙最大的陆运口岸。
阿尔山市：
位于兴安盟，与蒙古国东方省有一小段相邻。
东乌珠穆沁旗：
位于锡林郭勒盟，与蒙古国接壤。
苏尼特左旗 和 苏尼特右旗：
均位于锡林郭勒盟，与蒙古国接壤。
阿巴嘎旗：
位于锡林郭勒盟，与蒙古国接壤。
达尔罕茂明安联合旗：
位于包头市，与蒙古国接壤。
乌拉特中旗和 乌拉特后旗：
均位于巴彦淖尔市，与蒙古国接壤。
阿拉善左旗、 阿拉善右旗和 额济纳旗：
均位于阿拉善盟，与蒙古国接壤。
这些城市均位于内蒙古自治区的边境地区，与蒙古国和俄罗斯接壤，承担着重要的边境贸易和边防任务。
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