截至2024年，总部设在上海的航空公司共有6家，其中包括2家货运航空公司。具体如下：
1. 中国东方航空（简称“东航”）：中国东方航空股份有限公司是一家总部位于中国上海的国有控股航空公司，在原中国东方航空集团公司的基础上，兼并中国西北航空公司，联合中国云南航空公司重组而成。东航提供国内和国际的客货运输服务，并且承担国家领导人的专机任务。
2. 上海航空（简称“上航”）：上海航空股份有限公司（Shanghai Airlines）前身是上海航空公司，成立于1985年12月，是中国第一家多元化投资的商业性质有限责任航空企业。上航以经营国内干线客货运输为主，同时从事国际和地区航空客、货运输及代理。
3. 春秋航空股份有限公司：春秋航空是一家总部位于上海的民营航空公司，以低成本航空服务为主，提供国内和国际航线服务。
4. 上海吉祥航空有限公司：上海吉祥航空有限公司是一家总部位于上海的航空公司，提供国内和国际航线服务。
5. 中国货运航空有限公司：中国货运航空有限公司是总部设在上海的货运航空公司之一。
6. 扬子江快运航空有限公司：扬子江快运航空有限公司也是总部设在上海的货运航空公司之一。
建议您根据具体需求和航班安排选择合适的航空公司。
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