码头在运营过程中需要缴纳的主要税种包括：
增值税 ：码头装卸服务属于增值税应税服务，需按照规定的税率缴纳增值税。
附加税费
城建税：根据营业税的一定比例缴纳（市区7%，县城、镇5%，乡1%）。
教育费附加：按营业税的3%缴纳。
地方教育费附加：按营业税的2%缴纳。
其他地方税费：如围提费、水利建设基金等。
个人所得税：
按分配的红利缴纳20%的个人所得税。
企业所得税：
按利润的25%缴纳企业所得税。
房产税和土地使用税：
根据房产原值的一定比例缴纳房产税，以及根据土地使用情况缴纳土地使用税。
印花税：
根据《中华人民共和国印花税暂行条例》规定，对书立或领受的应税凭证缴纳印花税。
车船税：
企业自有船舶需缴纳车船税。
货物港务费：
根据货物种类、数量及运输距离等因素缴纳。
船舶吨税：
由海关对进出中国国境的船舶征收，用于航道设施建设。
其他费用：
可能包括引航费、拖轮费、停泊费、系解缆费等。
请注意，税率和税种可能会根据具体的地区政策和时间有所变化，具体情况建议咨询当地税务部门
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