日本的铁路系统可以根据类型分为两大类：新干线和铁路。
新干线
新干线是贯通日本全国的高速铁路系统，其首条线路于1964年开通运行，是世界上最早进行旅客运输的高速铁路系统。新干线共有9条线路，最北端可达北海道的函馆，最南端为九州的鹿儿岛，并在不断地拓展延伸。
东海道新干线：
东京站—新大阪站间，长515.4公里。
山阳新干线：
新大阪站—博多站间，长553.7公里。
东北新干线：
东京站—新青森站间，长674.9公里。
上越新干线：
大宫站—新潟站间，长269.5公里。
长野新干线（北陆新干线）：
高崎站—长野站间，长117.4公里。
JR（Japan Railways）
JR全称为Japan Railways，前身为日本国营铁路公司。在1987年，日本政府将日本国有铁道分割并民营化，成为现在的JR集团。JR拥有多条线路，包括：
JR五能线：
秋田县东能代站~青森县川部站，是一条主要靠海行驶的旅游线路。
JR只见线：
福岛县会津若松站~新泻县小出站，是福岛县只见地区及新潟县鱼沼地区间仅有的交通工具。
JR饭田线：
爱知县丰桥站~长野县辰野站，被称为“秘境车站”。
JR陆羽东线：
穿梭在山形县和宫城县之间的奥之细道场汤烟LINE。
箱根登山铁道：
日本现存最陡的坡度铁道，全长15公里，有11个车站。
山手线：
运行于东京核心地带的环状铁道，途经东京的重要转运点。
私铁（民营铁路）
私铁是私人修建的铁路，在日本很多大城市都有。私铁公司每家都有很多条线路甚至构成网络，各自有各自的票价系统、车辆规格、车辆涂装。私铁的功能主要是担任大城市和近郊的通勤客运。主要公司包括：
东京：
东急、京急、京成、东武、小田急等。
关西都市圈：
近铁、阪急、阪神、京阪、南海等。
名古屋：
名铁。
福冈：
西铁。
其他铁路
渡良濑溪谷铁道：
群马县桐生站~枥木县间藤站，连接群马县桐生市与栃木县日光市，沿途可欣赏渡良濑溪谷的美景。
真冈铁道：
茨城县下馆站~枥木县茂木站，以蒸汽火车和花田景观著称。
大井川铁道：
静冈县金谷站~井川站，优美的河川及山景吸引了许多游客。
黑部峡谷铁路：
富山县宇奈月站~欅平站。
这些铁路各具特色，既有覆盖全国的快速新干线，也有连接城市、欣赏美景的私铁和地方铁路。可以根据个人兴趣和旅行需求选择合适的铁路线路。
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