福建省拥有众多自然保护区，以下是一些主要的保护区：
武夷山国家公园：
位于福建南部，是世界自然遗产地，以奇峰怪石、茶园风光和丰富的植物资源而闻名。
厦门鼓浪屿风景名胜区：
包括鼓浪屿和厦门岛部分地区，是一处自然生态保护区和历史文化遗产地。
福建武夷山国家级自然保护区：
位于武夷山市境内，是国最早设立的自然保护区之一，有丰富的植物资源和独特的丹霞地貌景观。
深沪湾海底古森林遗迹国家级自然保护区：
位于福建省晋江市深沪镇，主要保护对象为海底古森林和牡蛎礁遗迹。
将乐龙栖山国家级自然保护区：
位于将乐县，主要保护对象为中亚热带常绿阔叶林生态系统和珍贵濒危野生动植物。
虎伯寮国家级自然保护区：
位于漳州市西部的南靖县境内，区内有南亚热带雨林群落。
福安瓜溪桫椤省级自然保护区：
位于福安市，主要保护对象为中亚热带森林生态系统及桫椤等珍贵濒危野生植物。
福建君子峰国家级自然保护区：
位于明溪县，主要保护对象为大面积低纬度低海拔原生性的中亚热带常绿阔叶林森林生态系统。
丹霞山自然保护区：
保护了丰富多样的野生动植物资源。
闽西百龙自然保护区：
位于西部山区，生长有大片原始森林，栖息着多种珍稀动物。
峨嵋峰国家级自然保护区：
位于三明市，主要保护对象为世界极度濒危的水生植物东方水韭及其栖息地。
厦门珍稀海洋物种国家级自然保护区：
位于厦门市海域，保护12种珍稀物种及其生境。
天宝岩国家级自然保护区：
位于三明市，区内自然资源丰富。
皇帝洞风景区：
位于福州北峰晋安区日溪乡，是福建省重点自然保护区之一。
闽江源国家级自然保护区：
位于建宁县东南部，是福建闽江的正源头。
梅花山国家级自然保护区：
位于福建西南部，是武夷山脉南段与博平岭之间的玳瑁山的主体部分。
龙海九龙江口红树林省级自然保护区 、 福清兴化湾水鸟省级自然保护区、 宁德环三都澳湿地水禽红树林市级自然保护区、 泉州湾河口湿地省级自然保护区：
根据《福建省湿地保护规划（2024—2030年）》，计划新增的保护区。
雄江黄楮林自然保护区：
位于闽清县，主要保护对象为中亚热带南缘基带常绿阔叶林森林生态系统。
福建长乐闽江河口国家湿地公园：
位于福州市长乐区，是候鸟迁徙重要越冬地。
这些保护区涵盖了森林、海洋、湿地、丹霞地貌等多种生态系统，保护了丰富的动植物资源和独特的自然景观。
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