厦门的主要港口包括：
厦门国际邮轮母港：
厦门是中国大陆最早接待的国际邮轮母港之一，是中国第一个有定期国际邮轮航班的港口。
东渡港区：
包括海天码头、象屿码头、五通海空联运码头等，是厦门港的核心港区之一，主要承接近洋航线、对台航线、海上丝绸之路航线等。
海沧港区：
重点发展集装箱中、远洋干线运输，与嵩屿港区共同构成全港集装箱干线运输的主体港区。
嵩屿港区：
在充分发挥现有煤炭、成品油码头作用的基础上，重点发展集装箱干线运输。
刘五店港区：
厦门港远景重点发展的港区，将以集装箱运输、临港工业开发为主，并为对台经贸合作和“三通”服务。
客运港区：
发展国际客运和海峡对台“三通”、海湾滚装运输以及沿海、本地区内的短途客运。
招银港区：
依托漳州开发区和厦门湾南岸地区经济，以发展集装箱和杂货运输为主。
后石港区：
依托后方临港重化工业区的大型临港工业港区，重点发展大宗散货码头。
石码港区：
主要为漳州市和龙海市地方物资运输服务，并为九龙江两岸及来往厦门的客运服务。
和平码头：
和平港区位于厦门内港东岸南段，紧临老市区，开发最早。
第一码头：
位于厦门内港东岸中段，是厦门的一个重要客运码头。
轮渡客运码头：
位于厦门市思明区鹭江道，主要承担市民和游客的轮渡运输任务。
海天码头：
运营东渡港区5~16泊位，岸线总长2486米，年通过能力超300万标箱。
象屿码头：
位于厦门内港东岸中段，是厦门的一个重要货运码头。
国贸码头：
位于厦门市思明区，主要承担国际贸易和物流运输任务。
同益码头：
位于厦门市湖里区，是一个综合性码头。
嵩屿码头：
位于福建省厦门市海沧区建港路2188，后更名为嵩鼓码头。
东渡码头：
位于厦门内港东岸中段，始建于1982年，1984年建成投产。
石湖山码头：
位于福建省厦门市湖里区，是一个重要的散货码头。
海沧嵩鼓码头：
位于福建省厦门市海沧区，是厦门港的一个重要组成部分。
山尾码头：
位于福建省厦门市海沧区，是一个综合性码头。
菽庄花园游艇码头：
位于福建省厦门市鼓浪屿区，是一个游艇专用码头。
鼓浪屿内厝澳码头：
位于福建省厦门市鼓浪屿区，是鼓浪屿的一个重要码头。
厦门市民专用码头：
位于厦门市思明区，主要服务市民的休闲和交通需求。
厦门鼓浪屿码头：
位于福建省厦门市鼓浪屿区，是鼓浪屿的主要码头之一。
观光码头：
位于厦门市思明区，主要承担旅游观光和客运任务。
真爱码头：
位于厦门市思明区，是一个主要用于客运的码头。
鼓浪屿环卫码头：
位于福建省厦门市鼓浪屿区，主要负责鼓浪屿的环境卫生工作。
黄家渡码头：
位于福建省厦门市湖里区，是一个综合性码头。
轮渡小巴码头：
位于厦门市思明区，主要承担短途轮渡运输任务。
31. 海沧湾旅游码头：位于福建省厦门市海沧区，是一个重要的旅游码头。
32. 三丘田码头：位于厦门市思明区鹿礁路6之附近，是一个重要的货运码头。
33. 厦门海洋管理公务码头：位于福建省厦门市，主要负责海洋管理公务。
34. 厦门综合码头：位于厦门市，是一个综合性码头。
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