明孝陵内种植了多种树木，其中包括：
北美鹅掌楸：
这是一种原产于美国东南部的古老孑遗植物，被称作植物界的“活化石”。明孝陵内的北美鹅掌楸是南京现存最早、体量最大的一株，也是景区唯一的一株。
水杉：
在明孝陵梅花谷湖区域种植了许多水杉，还有池杉、落羽杉等，这些树木在深秋初冬季节色彩斑斓，倒映在水中如同一幅油画。
落羽杉：
在明孝陵内可以看到落羽杉换上了金黄与橙红交织的新衣，在阳光下色彩斑斓。
银杏、乌桕、枫香和榉树：
这些树种种植在明孝陵的神道两旁，其中枫香树在秋冬季节叶子由绿色转变为黄色或暗红色，为神道增添了美丽的秋色。
其他古树名木：
明孝陵景区内共有古树名木156株，分属于19科26属，主要分布于陵宫、翁仲路以及梅花山，以松科柏科植物为主。
梧桐树：
明孝陵内的梧桐树叶在阳光下呈现橘色，增添了一抹亮丽的色彩。
灰楸树：
这种树主要栽植在南方，如广东、云南、四川、贵州等地，在紫金山森林科普馆后面也有一片楸树。
圆柏：
在翁仲路上可以看到两株已经枯死的圆柏，树干上涂有水泥“石膏”。
这些树木不仅美化了明孝陵的环境，也为游客提供了丰富的观赏体验
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